دکتر مهدی محقق در بهمن 1308 هجری شمسی در مشهد در خانواده ای روحانی به دنیا آمد و تا نه سالگی در آن شهر بود و سپس در سال 1317 به تهران منتقل گردید و تحصیلات خود را در سطح ابتدایی و متوسطه دنبال کرد. از سال 1323 شروع به تحصیلات حوزوی کرد و برای استفاده از محضر استادان بزرگ در سالهای 1326 و 1327 به مشهد آمد و در مدرسه نواب اقامت گزید و علوم حوزوی را در حوزه علمیه مشهد و سپس تهران تا مرحله اجتهاد فراگرفت و موفق به اخذ درجه اجتهاد از آیت الله کاشف الغطاء و آیت الله سید محمدتقی خوانساری گردید.

در سال 1327 وارد دانشگاه تهران شد و دوره دکتری الهیات را در سال 1337 به پایان رسانید و در سال 1338 موفق به اخذ درجه دکتری در زبان و ادبیات فارسی از دانشگاه تهران گردید و در سال 1339 پس از شرکت در آزمون دانشیاری به عضویت هیئت آموزشی گروه زبان و ادبیات فارسی دانشگاه تهران درآمد و پیش از آن به مدت نه سال در دبیرستانهای تهران تدریس کرده بود. که مدت سه سال از آن مدیر بخش کتب خطی کتابخانه ملی فرهنگ هم بود. در سال 1340 از طرف دانشگاه لندن دعوت به تدریس در دانشکده زبانهای شرقی شد و به مدت دو سال در آن دیار به سر برد. در سال 1345 به مقام استادی دانشگاه تهران نائل آمد و تا سال 1361 که بازنشسته گردید با همان سمت در گروه های زبان و ادبیات فارسی و عربی و فلسفه و علوم اجتماعی دانشگاه تهران به تدریس درس های مختلف پرداخت.

او طی سالهای 1344-1347 و 1355-1357 و 1360-1361 در دانشگاه مک گیل کانادا به تدریس فلسفه و کلام و عرفان اسلامی پرداخت و در سال 1347 شعبه مؤسسه مطالعات اسلامی آن دانشگاه را در تهران تأسیس کرد و نتیجه آن نشر متجاوز از هشتاد اثر نفیس در زمینه های مختلف علوم اسلامی است که با همکاری متجاوز از سی تن از استادان داخلی و سی تن از استادان خارجی در دو مجموعه «سلسله دانش ایرانی» و «تاریخ علوم در اسلام» فراهم آورد و به جامعه علمی تقدیم داشت.

در سال 1353 به عنوان رئیس انجمن استادان زبان و ادبیات فارسی برگزیده شد و با استفاده از امکانات مؤسسه مطالعات اسلامی چهارده اثر به استادان آن رشته تقدیم داشت و نیز در همین سال به عنوان عضو هیئت امنا با انجمن فلسفه همکاری کرد و در نشر آثار علمی دانشمندان شیعی ایرانی به وسیله آن انجمن در این توفیق علمی سهیم گردید.

پس از بازنشستگی سالی سه ماه در کانادا به مدت پنج سال تدریس کرد و پس از آن پنج سال در مؤسسه بین المللی اندیشه و تمدن اسلامی مالزی به عنوان "استاد ممتاز فلسفه اسلامی" به تدریس و تحقیق اشتغال ورزید و نشر مجموعه ای از متون و تحقیقات در زمینه علوم اسلامی را بنیان نهاد که تاکنون دوازده مجلد از آن به  وسیله آن مؤسسه در تهران و کوالالامپور در مجموعه «اندیشه اسلامی» منتشر شده است.و نیز به عنوان دعوت دانشگاه آکسفورد سالی یک بار در آنجا به تحقیق و مطالعه درباره تاریخ پزشکی اشتغال داشته  و برخی از استادان را در راهنمایی رساله های دکتری در زمینه علوم اسلامی یاری کرده است.

پس از انقلاب اسلامی به ریاست دانشکده دماوند منصوب شد و پس از آن در سال 1361 سازمان دائرة المعارف تشیع را پایه ریزی کرد و همچنین پس از انتصاب به عضویت هیئت امنای بنیاد دائرة المعارف اسلامی در سال 1362 مدت دو سال به عنوان مدیرعامل، آن نهاد را سازمان داد و اداره کرد. بعد از بازنشستگی در دوره های فوق لیسانس و دکتری دانشگاه های مشهد، اصفهان، امام صادق (ع)، شهید مطهری، الزهرا، تربیت معلم و دانشگاه آزاد اسلامی کرج و رودهن تدریس و دانشجویان را در تحریر رساله های فوق لیسانس و دکتری راهنمایی کرد.

پیش از انقلاب به عضویت پیوسته فرهنگستان ادب و هنر درآمد و پس از انقلاب از بدو تأسیس فرهنگستان زبان و ادب فارسی در سال 1370 به عضویت پیوسته آن منصوب گشت و نیز با عضویت وابسته فرهنگستان علوم پزشکی در گروه طب اسلامی و پزشکی سنتی همکاری خود را ادامه داد.

دکتر محقق در بسیاری از مجامع بین المللی عضویت دارد، از جمله فرهنگستان زبان عرب مصر، فرهنگستان زبان عرب دمشق، فرهنگستان علوم و تمدن اسلامی اردن، فرهنگستان علمی هند، انجمن بین المللی تاریخ پزشکی و انجمن بین المللی فلسفه در قرون وسطی و در متجاوز از هفتاد مجمع بین المللی شرکت داشته و در آن سخنرانی به زبانهای انگلیسی و عربی ایراد کرده است.