جیمز مک گیل در هشتم ژانویه 1811 میلادی یعنی دو سال پیش از مرگش وصیت کرد که زمینی به مساحت چهل و شش هکتار با خانه های اطراف آن از دارائی او واقع در شهر مونترال اختصاص به مؤسسه ای یابد که در آن با فعالیت های آموزشی و پژوهشی در پیشرفت علوم و فنونی که آن جامعه نوخانه را ترقی بخشد گام برداشته شود این مؤسسه که با تکامل تدریجی خود بعدها به دانشگاه مک گیل معروف گشت یکی از چند دانشگاه مهم امریکای شمالی به شمار می رود.

بخش تحصیلات تکمیلی این دانشگاه که اختصاص به دوره های مختلف فوق لیسانس و دکتری دارد به نام دانشکده مطالعات و تحقیقات عالی خوانده می شود که یکی از شعبه های آن بخش مؤسسه مطالعات اسلامی است که در سال 1952 میلادی با کوشش پروفسور ویلفرد کانتول اسمیث تأسیس شده است.

دانشجویان این مؤسسه موظف اند که در گرایش های چهارگانه: تاریخ اسلام، سازمانها و نهادهای اسلامی ، اندیشه اسلامی (فلسفه و منطق و کلام و عرفان) و اسلام در دوره های جدید کشورهای اسلامی به تحصیل بپردازند و با تحریر رساله ای تحقیقی به اخذ درجه فوق لیسانس و دکتری نائل آیند.

در این مؤسسه استادانی از کشورهای غربی و همچنین از کشورهای اسلامی به تدریس پرداخته و نیز دانشجویانی از اقطار مختلف عالم خاصه کشورهای اسلامی از این مؤسسه فارغ التحصیل شده اند که تعداد آنان بالغ بر بیش از چهارصد و شصت تن می شود که هم اکنون در دانشگاههای مختلف جهان مشغول تدریس مباحث مختلف فرهنگ و تمدن و علوم اسلامی هستند.

دکتر مهدی محقق به مناسبت سابقه دو سال تدریس که در سالهای 1340 تا 1342 در دانشکده مطالعات شرقی و افریقائی دانشگاه لندن (SOAS) داشت، در سال 1344 از طرف دانشگاه تهران برای تدریس زبان و ادب فارسی به آن مؤسسه اعزام گشت و در طی سه سال اقامت خود در کانادا موفق شد که توجه استادان و دانشجویان مؤسسه را به فلسفه و کلام و عرفان و اصول فقه شیعی که تا آن وقت در آن دیار ناشناخته مانده بود جلب کند و خود بتدریس این علوم بپردازد.

وی با همکاری پروفسور توشی هیکو ایزوتسو نشر مجموعه ای از متون فلسفی و کلامی و عرفانی را تحت عنوان «سلسله دانش ایرانی» پایه ریزی کرد.سپس این همکاری علمی را به تهران منتقل ساخت.

پروفسور چارلزآدامز رئیس مؤسسة مطالعات اسلامی جهت تمرکز این فعالیتهای مشترک توانست موافقت هیأت امنای دانشگاه مک گیل را برای تأسیس شعبه ای از مؤسسه در تهران اخذ کند و سپس با موافقت وزارت امور خارجه ایران و وزارت علوم و آموزش عالی این شعبه در تاریخ 14 دیماه 1347 مصادف با 4 ژانویه 1969 طی مراسمی با سخنرانی آقایان، پروفسور فضل الله رضا (رئیس دانشگاه تهران)، دکتر عبدالله فریار (معاون وزارت علوم و آموزش عالی) و دکتر سید حسین نصر (رئیس دانشکده ادبیات و علوم انسانی) از طرف ایران، و آقایان، جناب کریستوفر ابرتز (سفیر کشور کانادا در ایران)، پروفسور استانلی فراست (رئیس دانشکده مطالعات و تحقیقات عالی دانشگاه مک گیل) و پروفسور چارلز آدامز (رئیس مؤسسه مطالعات اسلامی آن دانشگاه از طرف کانادا) در تالار فردوسی دانشکده ادبیات دانشگاه تهران افتتاح گردید.

مؤسسه تهران سپس فعالیت خود را در بنائی کهن واقع در خیابان خارک شماره 75 آغاز کرد و آقایان پروفسور ایزوتسو (استاد فلسفه اسلامی) و دکتر هرمان لندلت(استاد تصوف اسلامی) در پایه ریزی و شکل گیری آن همکاری و یاری کردند.

هزینه این مؤسسه از سال 1347 تا سال 1350 از طرف دانشگاه مک گیل تأمین می شد و سپس در این سال به جهت مضیقه هائی که برای آن دانشگاه در نتیجة اختلاف فرانسوی زبانها و انگلیسی زبانها در ایالت کبک فراهم آمده بود کمک آن دانشگاه قطع گردید و مؤسسه در آستانة تعطیل و انحلال قرار گرفت.

دکتر سید حسین نصر طی نامه ای به رئیس دانشگاه تهران با تاکید بر اینکه «این مؤسسه یکی از مهمترین مراکز موجود از برای معرفی فلسفة اسلامی مخصوصاً فلسفة مخصوص ایران در قرون اخیر است» درخواست کرد که دانشگاه تهران سالانه صد و پنجاه هزار تومان که معادل بیست هزار دلار آن زمان بود به مؤسسه کمک کند و در برابر نام و نشان دانشگاه تهران همپایه با نام و نشان دانشگاه مک گیل در انتشارات و مکاتبات قرار گیرد و نیز مؤسسه استادان و دانشجویان دانشگاه تهران را در فعالیت های علمی خود شرکت دهد. مؤسسه ناچار برای صرفه جوئی جای خود را به آپارتمانی نود متری در چهار راه امیر اکرم خیابان لبافی نژاد شماره 36 طبقه اول تغییر داد و با دشواریها و سختی ها کوشید که کوشش های علمی را ادامه دهد و نتیجة آن را به صورت کتاب منتشر سازد.

دانشگاه تهران از سال 1358 کمک خود را طی قراردادی به سالی چهارصد و پنجاه هزار تومان در سال افزایش داد ولی این مبلغ تکافوی هزینه های علمی و اداری مؤسسه را نمی کرد و به جهت عدم توانائی بر افزودن مال الاجاره آپارتمان نود متری محل مؤسسه به حکم دادگاه درهای آن شکسته و اسباب و اثاثیه اش بیرون ریخته شد. و مؤسسه برای بار دوم در شرف تعطیلی و انحلال قرار گرفت.

 آقای دکتر علی اکبر موسوی موحدی (معاونت پژوهشی دانشگاه تهران) در سال 1374، آپارتمان مناسب و وسیعی را در خیابان انقلاب شماره 1076 در اختیار مؤسسه قرار داد و کمک دانشگاه را نیز به یک میلیون تومان در سال رسانید و کمک های مقطعی دیگری را هم برای خرید لوازم کتابخانه و وسائل و ابزارهای علمی بر آن افزود و حیات تازه ای به مؤسسه بخشید. 

دکتر مهدی محقق برای جبران کاستی ها جهت تأمین منابع مالی برای امور اداری و انتشاراتی مؤسسه و ابقاء آن، در طی سالهای 1370تا 1375 سه ماه در سال در مؤسسه بین المللی اندیشه و تمدن اسلامی مالزی به تدریس پرداخت و توانست با کمک مادی و حمایت معنوی پروفسور سید محمد نقیب العطاس (مدیر آن مؤسسه) مجموعه ای را به نام «اندیشه اسلامی» بنیان نهد و از این جهت نشان آن مؤسسه در دوازده کتاب از سلسله انتشارات مؤسسه مشاهده می شود و این موجب شد که فعالیت مؤسسه تهران گسسته و منقطع نگردد.

با وجود مضایق و دشواریها، نزدیک چهل سال این حرکت با حول و قوت الهی ادامه یافته و مؤسسه نه تنها متجاوز از قریب هشتاد مجلد از نفیس ترین و ارزنده ترین آثار دانشمندان اسلامی – ایرانی به ویژه بزرگان شیعه را که بیشتر همراه با ترجمه و یا مقدمه به یکی از زبانهای خارجی بوده به جهان علم عرضه داشته و در طی آن از معروف ترین دانشمندان خارجی و داخلی استفاده کرده است، بلکه کتابخانه ای مجهز به مهمترین مراجع و مآخذ در زمینه های مختلف علوم و معارف اسلامی فراهم آورده است که علمای حوزه و استادان دانشگاهها و طلاب و دانشجویان از آن استفاده می کنند. نیز خدمات علمی خود را در اختیار مراکز علمی خارجی و داخلی قرار می دهد و تاکنون مراکز علمی مهم کشور از نظام امانت دهی کتابخانه مؤسسه استفاده کرده اند.

در سال 1384، آقای دکتر علی اکبر موسوی موحدی که برای بار دوم به معاونت پژوهشی دانشگاه منصوب گشته اند عنایت فراوانی به فعالیتهای علمی مؤسسه همچون سابق نشان دادند و میزان کمک دانشگاه به مؤسسه را از سه میلیون تومان در سال به پنج میلیون افزایش دادند.